Дубна: Международный университет природы, общества и человека
«Дубна», 2011. - 100 с.
Настоящее учебное пособие ориентировано на студентов старших курсов – магистров по специализации Химия, которое ставит перед собой цель помочь в освоении основных подходов и методов компьютерного молекулярного моделирования (компьютерного дизайна) в химических исследованиях. В последующих главах мы рассмотрим теоретические основы метода МД (молекулярно-динамического) моделирования, а также на конкретных примерах из химии и биомолекулярных исследований проиллюстрируем их применение. В Главе 1 описаны уравнения движения, потенциалы и основные соотношения метода МД. В Главе 2 подход МД моделирования детально анализирован на примере описания компьютерного кода по изучению свойств системы Леннарда-Джонса. Потенциал Леннарда-Джонса является одним из наиболее употребляемых в МД моделировании, в особенности в исследовании свойств жидкостей и жидкообразных соединений. В Главе 3 будут рассмотрены некоторые применения компьютерного кода DL_POLY – многоцелевого пакета, применяемого для МД моделирования самых разнообразных молекулярных систем - от простых атомарных фрагментов до ионных структур, полимеров и биохимических макромолекул. В Главе 4 дается описание и применение квантово-химических потенциалов в МД-моделировании. В конце книги приведен список литературы и приложения. Содержание Методы компьютерного молекулярного моделирования в химии
Статус молекулярного моделирования в современной биохимии
Уравнения движения и потенциалы силового поля
Термостаты и баростаты
Учет электростатики – центральная проблема в МД-моделировании
МД моделирование системы Леннарда-Джонса
Потенциал Леннарда-Джонса - наиболее употребляемый в изучении жидкостей
Компьютерный код для МД моделирования системы Леннарда-Джонса
Мониторинг равновесных распределений (состояний) в МД-моделировании
Функция радиального распределения (ФРР) (RDF (radial distribution function))
Параметр порядка (order parameter)
Распределение Больцмана
Динамические свойства: коэффициент диффузии
Некоторые результаты вычисления кода МД для модели Леннарда-Джонса
Динамические и диффузионные свойства молекул NaCl в водном растворе при различных концентрациях соли
МД-моделирование атомарных и ионных структур, полимеров и биологических макромолекул
DL_POLY – многоцелевой компьютерный код МД–моделирования
Использование кода DL_POLY в МД-моделировании атомарных и ионных структур, полимерных цепей и биомакромолекул
Молекулярно-динамическое моделирование взаимодействия валиномицина с ионами K+ и Na+ в водной среде
Молекулярно-динамическое моделирование фазовых превращений молекулы бифенила в растворе активной среды
Молекулярно-динамическое моделирование фазовых превращений K-Na дисиликатного стекла в растворе активной среды
Квантохимические потенциалы в МД-моделировании
Гибридные подходы классической молекулярной динамики (MD) и квантово-химической молекулярной динамики (qMD) (Ab initio quantum chemistry)
Потенциал Терсоффа для МД-моделирования систем, содержащих углерод, кремний, германий, и их сплавов (MD/qMD, Ab initio quantum chemistry)
Потенциал Гупта-Морзе для МД-моделирования металлов и сплавов (MD/qMD, Ab initio quantum chemistry, DFT)
Приложения
Команды UNIX (OS Linux)
Компиляция и исполнение программ в среде UNIX (OS Linux)
Коды и программы МД-моделирования
Клатраты гидратов и Si46-клатраты: проблемы энергетики будущего и некоторые аспекты МД-моделирования
Формы контроля и примерная тематика исследовательских проектов
Настоящее учебное пособие ориентировано на студентов старших курсов – магистров по специализации Химия, которое ставит перед собой цель помочь в освоении основных подходов и методов компьютерного молекулярного моделирования (компьютерного дизайна) в химических исследованиях. В последующих главах мы рассмотрим теоретические основы метода МД (молекулярно-динамического) моделирования, а также на конкретных примерах из химии и биомолекулярных исследований проиллюстрируем их применение. В Главе 1 описаны уравнения движения, потенциалы и основные соотношения метода МД. В Главе 2 подход МД моделирования детально анализирован на примере описания компьютерного кода по изучению свойств системы Леннарда-Джонса. Потенциал Леннарда-Джонса является одним из наиболее употребляемых в МД моделировании, в особенности в исследовании свойств жидкостей и жидкообразных соединений. В Главе 3 будут рассмотрены некоторые применения компьютерного кода DL_POLY – многоцелевого пакета, применяемого для МД моделирования самых разнообразных молекулярных систем - от простых атомарных фрагментов до ионных структур, полимеров и биохимических макромолекул. В Главе 4 дается описание и применение квантово-химических потенциалов в МД-моделировании. В конце книги приведен список литературы и приложения. Содержание Методы компьютерного молекулярного моделирования в химии
Статус молекулярного моделирования в современной биохимии
Уравнения движения и потенциалы силового поля
Термостаты и баростаты
Учет электростатики – центральная проблема в МД-моделировании
МД моделирование системы Леннарда-Джонса
Потенциал Леннарда-Джонса - наиболее употребляемый в изучении жидкостей
Компьютерный код для МД моделирования системы Леннарда-Джонса
Мониторинг равновесных распределений (состояний) в МД-моделировании
Функция радиального распределения (ФРР) (RDF (radial distribution function))
Параметр порядка (order parameter)
Распределение Больцмана
Динамические свойства: коэффициент диффузии
Некоторые результаты вычисления кода МД для модели Леннарда-Джонса
Динамические и диффузионные свойства молекул NaCl в водном растворе при различных концентрациях соли
МД-моделирование атомарных и ионных структур, полимеров и биологических макромолекул
DL_POLY – многоцелевой компьютерный код МД–моделирования
Использование кода DL_POLY в МД-моделировании атомарных и ионных структур, полимерных цепей и биомакромолекул
Молекулярно-динамическое моделирование взаимодействия валиномицина с ионами K+ и Na+ в водной среде
Молекулярно-динамическое моделирование фазовых превращений молекулы бифенила в растворе активной среды
Молекулярно-динамическое моделирование фазовых превращений K-Na дисиликатного стекла в растворе активной среды
Квантохимические потенциалы в МД-моделировании
Гибридные подходы классической молекулярной динамики (MD) и квантово-химической молекулярной динамики (qMD) (Ab initio quantum chemistry)
Потенциал Терсоффа для МД-моделирования систем, содержащих углерод, кремний, германий, и их сплавов (MD/qMD, Ab initio quantum chemistry)
Потенциал Гупта-Морзе для МД-моделирования металлов и сплавов (MD/qMD, Ab initio quantum chemistry, DFT)
Приложения
Команды UNIX (OS Linux)
Компиляция и исполнение программ в среде UNIX (OS Linux)
Коды и программы МД-моделирования
Клатраты гидратов и Si46-клатраты: проблемы энергетики будущего и некоторые аспекты МД-моделирования
Формы контроля и примерная тематика исследовательских проектов