впервые в истории установил важнейшие для хирургической практики взаимоотношения кровеносных сосудов и фасций, составляющие основу топографической анатомии как науки. Принципиальные положения, содержащиеся в этом капитальном труде, предусматривают все основные методические задачи топографической и хирургической анатомии как учебной и научной дисциплины. Работами Н. И. Пирогова было положено начало изучению фасциальных образований тела человека. Они послужили началом многочисленных исследований подобного рода как в России, так и за границей. Интерес к этой проблеме не иссяк и по настоящее время.

На протяжении 15 лет (с 1841 по 1856 г.), известных как петербургский период жизни Н. И. Пирогова, во всем блеске развернулся его исключительный талант.
В этот же период жизни Н. И. Пирогов создает „Полный курс прикладной анатомии" (1844), в котором также нашли отражение основные положения предмета топографической анатомии: послойный, областной принцип изучения анатомических образований.
Обращая особое внимание на топографические соотношения органов, Н. И. Пирогов создает новый метод исследования — метод распилов замороженных трупов в трех взаимно перпендикулярных плоскостях: сагиттальной, фронтальной и горизонтальной. Итогом работы по изучению распилов трупов явилось создание атласа топографо-анатомических таблиц „Anatomia topografica" (1859). На рисунках атласа, собственноручно выполненных автором, представлены в различных проекциях взаиморасположения органов и тканей.
Впервые в мире Н. И. Пирогов на срезах изучал топографию органов при определенных физиологических положениях: максимальном сгибании, разгибании, приведении, отведении и т. п. Можно сказать, что в этом труде Н. И. Пироговым заложены основы одного из направлений топографической анатомии - анатомии функциональной, изучающей топографию тела в его функции, динамике. Это направление имеет ярко очерченное прикладное значение. Н. И. Пирогов использовал метод распилов для разработки вопроса о наиболее целесообразных доступах к различным органам и рациональных оперативных приемах.
Данные, полученные Пироговым более ста лет назад, не потеряли своего значения и в наше время. Созданный им метод изучения распилов („пироговских срезов") широко используется топографоанатомами в современных научных исследованиях и в преподавании предмета.
Второй оригинальный способ изучения топографии внутренних органов, предложенный и осуществленный Н. И. Пироговым, назван им „анатомической скульптурой". Этот метод не уступает по точности изучению топографии на распилах замороженных трупов.
Однако в своих исследованиях Н. И. Пирогов не ограничивался изучением анатомических соотношений органов и тканей здорового человека и впервые применил эксперимент на трупе, изучая, таким образом, соотношения патологически измененных образований. И в этом вопросе он также является пионером нового метода исследований в топографической анатомии.
Еще в самом начале деятельности при работе над диссертационной темой о перевязке брюшной аорты Н. И. Пироговым была классически доказана большая ценность для решения практических вопросов медицины эксперимента на животных. В дальнейшем эксперимент на животных стал составной частью многих исследований.
Так, идя от анатомии через эксперимент на животных к клинике, Н. И. Пирогов заложил основы практической хирургии.
Современником Пирогова был Ф. И. Иноземцев (1802-1869) — первый директор факультетской хирургической клиники Московского университета. Именно в бытность Ф. И. Иноземцева при кафедре практической хирургии был выделен самостоятельный курс оперативной хирургии с топографической анатомией. Ф. И. Иноземцев был для своего времени выдающимся ученым. Он широко экспериментировал на животных, проводил микроскопические исследования. Ф. И. Иноземцев известен также как блестящий педагог. Согласно Уставу Российских университетов 1863 г., Московский университет счел необходимым организовать кафедру Оперативной хирургии с хирургической (топографической) анатомией и десмургией. Первая кафедра оперативной хирургии была создана в Петербургской медико-хирургической академии в 1867 г. Через год, в 1868 г., такая же кафедра была открыта на медицинском факультете Московского университета.
По завету Н. И. Пирогова кафедра оперативной хирургии составляет одно неразрывное целое с топографической анатомией. Руководителями кафедр, как правило, становились хирурги. Вновь созданные кафедры уже в первые годы своего существования не только обучали будущих врачей, но и являлись местом их усовершенствования.