ЯГТУ, Ярославль/Россия, Леднев С.Н., 2009
Лабораторный практикум по дисциплине «Компьютерная химия» состоит из четырех работ и предназначен для приобретения навыков оперативного решения различных химических задач с применением математических методов и программных средств. Выполнив все задания, Вы научитесь определять корреляционные зависимости, создавать двумерные и трехмерные структуры молекул, оптимизировать их геометрию, ознакомитесь с методами молекулярной механики, молекулярной динамики и квантовой химии с использованием программных средств Open Source. Для запуска требуется открыть файл «index».
Содержание
Глоссарий по компьютерной химии
Глоссарий по UNIX
Общие сведения о курсе
Описание программы GChemPaint
Описание программы Ghemical
Установка пакета
Внешний вид и управление
Начало работы
Изображение молекул
Добавление атомов водорода
Оптимизация геометрии
Изменение 3D просмотра
Маркировка атомов и связей
Режим представления
Инструменты
Настройка метода вычислений
Инструмент "Формула"
Инструменты измерения
Инструменты визуализации
Расчет энергии
Молекулярная механика
Построение 1D и 2D энергетических диаграмм
Молекулярная динамика
Квантовая механика
Лабораторная работа №1 Создание базы данных химических соединений и вычисление корреляционных зависимостей структура-свойство. Создание молекулярных моделей.
Лабораторная работа №2 Исследование внутримолекулярных и межмолекулярных взаимодействий методом молекулярной механики
Лабораторная работа №3 Исследование динамики локальных движений методом молекулярной динамики
Лабораторная работа №4 Квантово-химический расчет полуэмпирическим методом геометрии органических соединений
Файловый архив
Лабораторный практикум (полный архив)
Установочный пакет GChemPaint 0,8,0 (Linux)
Установочный пакет Ghemical 2,99 (Linux)
Установочный пакет Ghemical 2,10 (Windows)
Прилагается Литература:
Соловьев, М.Е. Компьютерная химия / М.Е. Соловьев, М.М. Соловьев. – М.: СОЛОН-пресс, 2005. – 535 с.
Овчинников, К.Л. Использование полуэмпирических квантово-химических методов для исследования органических соединений и механизмов реакций / К.Л. Овчинников, В.В. Плахтинский, А.В. Колобов. – Ярославль: Изд. ЯГТУ, 2008. – 26 с.
Хурсан, С.Л. Квантовая механика и квантовая химия. Конспекты лекций. – Уфа: ЧП Раянов, 2005. – 164 с.
Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry. – London, 1999. – 429 c.
Leach, A. Molecular Modelling. Principles and Applications. – Dorset, 2001. – 744 c.
Материалы сайта www.wikipedia.org.
Лабораторный практикум по дисциплине «Компьютерная химия» состоит из четырех работ и предназначен для приобретения навыков оперативного решения различных химических задач с применением математических методов и программных средств. Выполнив все задания, Вы научитесь определять корреляционные зависимости, создавать двумерные и трехмерные структуры молекул, оптимизировать их геометрию, ознакомитесь с методами молекулярной механики, молекулярной динамики и квантовой химии с использованием программных средств Open Source. Для запуска требуется открыть файл «index».
Содержание
Глоссарий по компьютерной химии
Глоссарий по UNIX
Общие сведения о курсе
Описание программы GChemPaint
Описание программы Ghemical
Установка пакета
Внешний вид и управление
Начало работы
Изображение молекул
Добавление атомов водорода
Оптимизация геометрии
Изменение 3D просмотра
Маркировка атомов и связей
Режим представления
Инструменты
Настройка метода вычислений
Инструмент "Формула"
Инструменты измерения
Инструменты визуализации
Расчет энергии
Молекулярная механика
Построение 1D и 2D энергетических диаграмм
Молекулярная динамика
Квантовая механика
Лабораторная работа №1 Создание базы данных химических соединений и вычисление корреляционных зависимостей структура-свойство. Создание молекулярных моделей.
Лабораторная работа №2 Исследование внутримолекулярных и межмолекулярных взаимодействий методом молекулярной механики
Лабораторная работа №3 Исследование динамики локальных движений методом молекулярной динамики
Лабораторная работа №4 Квантово-химический расчет полуэмпирическим методом геометрии органических соединений
Файловый архив
Лабораторный практикум (полный архив)
Установочный пакет GChemPaint 0,8,0 (Linux)
Установочный пакет Ghemical 2,99 (Linux)
Установочный пакет Ghemical 2,10 (Windows)
Прилагается Литература:
Соловьев, М.Е. Компьютерная химия / М.Е. Соловьев, М.М. Соловьев. – М.: СОЛОН-пресс, 2005. – 535 с.
Овчинников, К.Л. Использование полуэмпирических квантово-химических методов для исследования органических соединений и механизмов реакций / К.Л. Овчинников, В.В. Плахтинский, А.В. Колобов. – Ярославль: Изд. ЯГТУ, 2008. – 26 с.
Хурсан, С.Л. Квантовая механика и квантовая химия. Конспекты лекций. – Уфа: ЧП Раянов, 2005. – 164 с.
Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry. – London, 1999. – 429 c.
Leach, A. Molecular Modelling. Principles and Applications. – Dorset, 2001. – 744 c.
Материалы сайта www.wikipedia.org.