НТУ ХПИ, Харьков, Огурцов А.Н., 2014, 10 с.
Вопросы:
В чём состоит специфика биомолекулярной механики?
Как изменяется роль гравитации и инерции в наномире по сравнению с миром макрообъектов? Объясните причину.
Что такое атомная гранулярность, и каково её значение для функционирования природных бионанообъектов?
В чём состоит специфика влияния теплового движения и диффузии в наномире?
Перечислите принципы молекулярного узнавания Крейна.
Какие процессы называются эндергоническими? Приведите пример биологического эндергонического процесса.
Какие процессы называются экзергоническими? Приведите пример биологического экзергонического процесса.
В чём заключается принцип энергетического сопряжения? Приведите примеры энергетически сопряжённых биологических процессов.
Как изменение свободной энергии в ходе биологического процесса характеризует самопроизвольность этого процесса?
Запишите уравнение Гиббса-Гельмгольца. Какие вклады в свободную энергию учитывает это уравнение?
Какие процессы называются энтропийными? Приведите примеры.
Какие источники дополнительной энергии используются в биосистемах для стимуляции энергозатратных процессов?
Сравните энергии различных взаимодействий в биомакромолекулах.
Почему для рассмотрения свойств ковалентных связей в биомолекулах, как правило, достаточно шаро-стерженевого представления структуры молекул?
Приведите примеры резонансов в органических молекулах.
Как классифицируют Ван-дер-Ваальсовые взаимодействия?
От каких величин зависит энергия диполь-дипольного взаимодействия?
От каких величин зависит энергия индукционного взаимодействия?
От каких величин зависит энергия дисперсионного взаимодействия?
Запишите потенциал Леннарда-Джонса. Почему его часто называют потенциалом "шесть- двенадцать"?
Каковы особенности водородной связи по сравнению с остальными видами нековалентных взаимодействий?
Как и где используются водородные связи при формировании функциональной структуры белков и ДНК?
Какие молекулярные свойства воды определяют её биологическую значимость?
Каковы особенности электростатических взаимодействий по сравнению с остальными видами нековалентных взаимодействий?
Что такое гидрофобный эффект?
В чем отличие в поведении гидрофобных и гидрофильных аминокислот во время белкового фолдинга?
Что описывает кривая Фишера?
Каково должно быть соотношение гидрофильных аминокислот к гидрофобным аминокислотам в белке, чтобы происходило спонтанное формирование фибриллярных белковых структур?
Каково должно быть соотношение гидрофильных аминокислот к гидрофобным аминокислотам в белке, чтобы происходило спонтанное формирование агрегированных надмолекулярных белковых структур?
Какие функциональные группы имеет каждая аминокислота?
В каких условиях молекулы аминокислот приобретают характер цвиттерионов?
Какие четыре типа молекул используются главным образом при образовании биоструктур?
Перечислите неполярные аминокислоты.
Перечислите ароматические аминокислоты.
Перечислите полярные незаряженные аминокислоты.
Какие аминокислоты имеют в своем составе гидроксильную группу?
В состав каких аминокислот входит атом серы?
Перечислите заряженные аминокислоты.
Каковы структурные и функциональные особенности глицина?
Каковы структурные и функциональные особенности пролина?
Каковы структурные и функциональные особенности цистеина?
Каковы структурные и функциональные особенности гистидина?
Каковы структурные и функциональные особенности метионина?
Что называется первичной структурой белка?
Какие связи обеспечивают стабильность первичной структуры белка?
Какова роль резонансов в формировании пептидных связей? Какие атомы охватывает
резонанс в пептидной связи?
Что изображено на карте Рамачандрана?
Что называется вторичной структурой белка?
Какие взаимодействия обеспечивают стабильность вторичной структуры белка?
В чём состоит специфика формирования вторичной структуры белка в случае а-спирали?
В чём состоит специфика формирования вторичной структуры белка в случае Р-структуры?
Приведите примеры супервторичных структур.
Что называется третичной структурой фермента?
Какие взаимодействия обеспечивают стабильность третичной структуры фермента?
Что называется доменом?
Как образуются дисульфидные мостики?
Что называется четвертичной структурой белка?
Какие взаимодействия обеспечивают стабильность четвертичной структуры белка?
В чём сходство и различие понятий белок и полипептид?
Каковы основные функции четвертичной структуры белка?
В чём заключается парадокс Левинталя?
Какие различают стадии фолдинга молекулы белка?
В чём сходство и отличие расплавленной и нативной глобулы молекулы белка?
Перечислите механизмы регуляции формирования пространственной структуры белка в ходе фолдинга.
Что такое молекулярные шапероны?
В чём сходство и различие шаперонов и шаперонинов?
Как называются мономеры, из которых состоит ДНК?
В чём отличие нуклеотида от нуклеозида?
Перечислите пиримидиновые нуклеиновые основания.
Перечислите пуриновые нуклеиновые основания.
Перечислите стандартные уотсон-криковские пары нуклеиновых оснований.
Что такое нестандартное спаривание нуклеиновых оснований?
Какими углами характеризуется взаимное расположение азотистых оснований в паре?
Какими углами характеризуется взаимное расположение соседних пар оснований в ДНК?
Какие формы строения спиралей ДНК вы знаете? Какая из них является основной?
Какие две конформации рибозного кольца являются основными?
Что такое стэкинг? Какую роль играют стэкинг-взаимодействия в ДНК?
Какой процесс называется денатурацией ДНК?
Какая температура называется температурой плавления ДНК?
Как связана температура плавления ДНК с содержанием в ней гуанин-цитозиновых пар?
Каким образом изменение рН влияет на температуру плавления ДНК?
Почему изменение концентрации ионов в растворе изменяет температуру плавления ДНК?
Что называется ренатурацией ДНК, и какие процессы стимулируют ренатурацию ДНК?
Запишите общую формулу углеводов.
В каких трёх формах находится глюкоза в водном растворе?
Перечислите основные моносахариды живых организмов.
В чем сходство и различие а- и Р-гликозидной связей?
В чем сходство и различие целлюлозы и хитина?
В чем сходство и различие гликогена и целлюлозы?
В чем сходство и различие гликогена и крахмала?
Что такое гликопротеины и чем они отличаются от протеогликанов?
Формирование каких двух типов углеводных структур происходит вследствие участия
гидроксильных групп полисахаридов в образовании водородных связей?
Какие молекулы называются амфифильными?
Из каких компонентов состоит молекула фосфолипида?
Что является движущей силой самосборки липидных структур?
Как повлияет на мембрану появление в её составе фосфолипидных молекул, лишенных
одного из жирнокислотных хвостов?
Какова причина появления в жирнокислотном хвосте фосфолипида жёсткого кинка?
Как флуоресцентные зонды используются при исследования
Как с помощью флуоресценции можно определить микровязкость мембраны?
Как методом ЭПР определяют микровязкость биомембраны?
Чем отличаются латеральная и флип-флоп диффузии липидов?
Как методом ЭПР определяют коэффициент флип-флоп диффузии липидов?
Какое состояние конденсированного вещества называется жидкокристаллическим? Перечислите различные возможные жидкокристаллические структуры.
Охарактеризуйте фазовый переход биомембраны из жидкокристаллического в гель-состояние.
Как изменяются геометрические параметры липидов при фазовом переходе из жидкокристаллического в гель-состояние?
Как влияет наличие и число ненасыщенных С=С связей в углеводородных хвостах липидов на их температуру плавления?
В чем заключается адаптационное изменение химического состава биомембран при продолжительном понижении температуры окружающей среды?
С чем связан первичный механизм криоповреждений (повреждений при охлаждениях) биологических мембран?
Каким образом фазовый переход биомембраны из жидкокристаллического в гель-состояние может обеспечивать терморецепцию клеток?
Какие четыре вида межмолекулярных взаимодействий определяют состояние липидов в биомембранах?
Какую роль играют гидратационные силы при взаимодействии фосфолипидных мембран между собой?
Каким образом лабильная система водородных связей между молекулами липидов блокирует дестабилизирующее действие электростатических сил отталкивания полярных головок липидов?
Каким образом различие в длине углеводородных хвостов в молекулах фосфолипидов связано с числом фазовых переходов, которые наблюдаются в мембране, состоящей из этих фосфолипидов?
Какие три вида липид-белковых взаимодействий существуют в биомембранах?
Как взаимодействие белков с липидными монослоями влияет на функционирование белков? Приведите примеры.
Что такое аннулярные липиды, и как они влияют на функционирование мембранных белков?
Активность каких мембранных ферментов зависит от присутствия липидного окружения?
В каких клеточных процессах проявляются белок-белковые взаимодействия в виде циклов
агрегации-дезагрегации белков?
Какие три типа явлений могут лежать в основе агрегационных белок-белковых взаимодействий в биомембранах?
Что изучает энзимология?
Что такое ферменты?
Какова роль ферментов в клеточном метаболизме?
Как ферменты влияют на выбор метаболического пути?
Что такое рибозимы?
Как называются небелковые биокатализаторы?
Что такое субстрат?
Как называется вещество, на которое действует фермент?
Что называется апоферментом?
Что называется кофактором?
Что называется холоферментом?
В чём сходство и различие апофермента и кофактора?
В чём сходство и различие апофермента и холофермента?
В чём сходство и различие кофактора и холофермента?
Какие виды кофакторов вы знаете?
Что называется коферментом?
В чём сходство и различие кофактора и кофермента?
Что называется простетической группой?
В чём сходство и различие кофактора и простетической группы?
Может ли апофермент быть простетической группой? Почему?
Может ли кофермент быть простетической группой? Почему?
Чем активность ферментов отличается от активности небиологических катализаторов?
В каких единицах измеряется активность фермента?
Что называется каталом?
Что называется международной единицей ферментативной активности?
Что называется числом оборотов ферментативной реакции?
Что называется удельной активностью ферментативной реакции?
Что называется молярной активностью ферментативной реакции?
Сколько международных единиц ферментативной активности составляет один катал?
Сколько каталов составляет одна международная единица ферментативной активности?
Что называется специфичностью действия фермента?
Чем специфичность ферментов отличается от специфичности небиологических катализаторов?
В чём сходство и различие понятий субстратная специфичность и специфичность пути превращения?
Что такое субстратная специфичность ферментов?
Что такое специфичность пути превращения ферментов?
Почему способность к регуляции отличает ферменты от небиологических катализаторов?
В каком температурном диапазоне работает большинство ферментов?
Сравните с условиями работы небиологических катализаторов.
При каких значениях рН работает большинство ферментов? Сравните с условиями работы
небиологических катализаторов.
При каком давлении работает большинство ферментов? Сравните с условиями работы
небиологических катализаторов.
Приведите примеры преобразования ферментами энергии из одной формы в другую.
Какие классы ферментов вы знаете?
Какие реакции катализируют оксидоредуктазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют окислительно-восстановительные
реакции? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют трансферазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют перенос функциональной группы с одного субстрата на другой? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют гидролазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют гидролитические реакции? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют лиазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют реакции расщепления или образования
двойных связей? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют изомеразы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют реакции перенесения функциональных групп в пределах молекулы? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют лигазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют реакции присоединения, сопряженные с гидролизом нуклеозидтрифосфатов? Приведите примеры.
Вопросы:
В чём состоит специфика биомолекулярной механики?
Как изменяется роль гравитации и инерции в наномире по сравнению с миром макрообъектов? Объясните причину.
Что такое атомная гранулярность, и каково её значение для функционирования природных бионанообъектов?
В чём состоит специфика влияния теплового движения и диффузии в наномире?
Перечислите принципы молекулярного узнавания Крейна.
Какие процессы называются эндергоническими? Приведите пример биологического эндергонического процесса.
Какие процессы называются экзергоническими? Приведите пример биологического экзергонического процесса.
В чём заключается принцип энергетического сопряжения? Приведите примеры энергетически сопряжённых биологических процессов.
Как изменение свободной энергии в ходе биологического процесса характеризует самопроизвольность этого процесса?
Запишите уравнение Гиббса-Гельмгольца. Какие вклады в свободную энергию учитывает это уравнение?
Какие процессы называются энтропийными? Приведите примеры.
Какие источники дополнительной энергии используются в биосистемах для стимуляции энергозатратных процессов?
Сравните энергии различных взаимодействий в биомакромолекулах.
Почему для рассмотрения свойств ковалентных связей в биомолекулах, как правило, достаточно шаро-стерженевого представления структуры молекул?
Приведите примеры резонансов в органических молекулах.
Как классифицируют Ван-дер-Ваальсовые взаимодействия?
От каких величин зависит энергия диполь-дипольного взаимодействия?
От каких величин зависит энергия индукционного взаимодействия?
От каких величин зависит энергия дисперсионного взаимодействия?
Запишите потенциал Леннарда-Джонса. Почему его часто называют потенциалом "шесть- двенадцать"?
Каковы особенности водородной связи по сравнению с остальными видами нековалентных взаимодействий?
Как и где используются водородные связи при формировании функциональной структуры белков и ДНК?
Какие молекулярные свойства воды определяют её биологическую значимость?
Каковы особенности электростатических взаимодействий по сравнению с остальными видами нековалентных взаимодействий?
Что такое гидрофобный эффект?
В чем отличие в поведении гидрофобных и гидрофильных аминокислот во время белкового фолдинга?
Что описывает кривая Фишера?
Каково должно быть соотношение гидрофильных аминокислот к гидрофобным аминокислотам в белке, чтобы происходило спонтанное формирование фибриллярных белковых структур?
Каково должно быть соотношение гидрофильных аминокислот к гидрофобным аминокислотам в белке, чтобы происходило спонтанное формирование агрегированных надмолекулярных белковых структур?
Какие функциональные группы имеет каждая аминокислота?
В каких условиях молекулы аминокислот приобретают характер цвиттерионов?
Какие четыре типа молекул используются главным образом при образовании биоструктур?
Перечислите неполярные аминокислоты.
Перечислите ароматические аминокислоты.
Перечислите полярные незаряженные аминокислоты.
Какие аминокислоты имеют в своем составе гидроксильную группу?
В состав каких аминокислот входит атом серы?
Перечислите заряженные аминокислоты.
Каковы структурные и функциональные особенности глицина?
Каковы структурные и функциональные особенности пролина?
Каковы структурные и функциональные особенности цистеина?
Каковы структурные и функциональные особенности гистидина?
Каковы структурные и функциональные особенности метионина?
Что называется первичной структурой белка?
Какие связи обеспечивают стабильность первичной структуры белка?
Какова роль резонансов в формировании пептидных связей? Какие атомы охватывает
резонанс в пептидной связи?
Что изображено на карте Рамачандрана?
Что называется вторичной структурой белка?
Какие взаимодействия обеспечивают стабильность вторичной структуры белка?
В чём состоит специфика формирования вторичной структуры белка в случае а-спирали?
В чём состоит специфика формирования вторичной структуры белка в случае Р-структуры?
Приведите примеры супервторичных структур.
Что называется третичной структурой фермента?
Какие взаимодействия обеспечивают стабильность третичной структуры фермента?
Что называется доменом?
Как образуются дисульфидные мостики?
Что называется четвертичной структурой белка?
Какие взаимодействия обеспечивают стабильность четвертичной структуры белка?
В чём сходство и различие понятий белок и полипептид?
Каковы основные функции четвертичной структуры белка?
В чём заключается парадокс Левинталя?
Какие различают стадии фолдинга молекулы белка?
В чём сходство и отличие расплавленной и нативной глобулы молекулы белка?
Перечислите механизмы регуляции формирования пространственной структуры белка в ходе фолдинга.
Что такое молекулярные шапероны?
В чём сходство и различие шаперонов и шаперонинов?
Как называются мономеры, из которых состоит ДНК?
В чём отличие нуклеотида от нуклеозида?
Перечислите пиримидиновые нуклеиновые основания.
Перечислите пуриновые нуклеиновые основания.
Перечислите стандартные уотсон-криковские пары нуклеиновых оснований.
Что такое нестандартное спаривание нуклеиновых оснований?
Какими углами характеризуется взаимное расположение азотистых оснований в паре?
Какими углами характеризуется взаимное расположение соседних пар оснований в ДНК?
Какие формы строения спиралей ДНК вы знаете? Какая из них является основной?
Какие две конформации рибозного кольца являются основными?
Что такое стэкинг? Какую роль играют стэкинг-взаимодействия в ДНК?
Какой процесс называется денатурацией ДНК?
Какая температура называется температурой плавления ДНК?
Как связана температура плавления ДНК с содержанием в ней гуанин-цитозиновых пар?
Каким образом изменение рН влияет на температуру плавления ДНК?
Почему изменение концентрации ионов в растворе изменяет температуру плавления ДНК?
Что называется ренатурацией ДНК, и какие процессы стимулируют ренатурацию ДНК?
Запишите общую формулу углеводов.
В каких трёх формах находится глюкоза в водном растворе?
Перечислите основные моносахариды живых организмов.
В чем сходство и различие а- и Р-гликозидной связей?
В чем сходство и различие целлюлозы и хитина?
В чем сходство и различие гликогена и целлюлозы?
В чем сходство и различие гликогена и крахмала?
Что такое гликопротеины и чем они отличаются от протеогликанов?
Формирование каких двух типов углеводных структур происходит вследствие участия
гидроксильных групп полисахаридов в образовании водородных связей?
Какие молекулы называются амфифильными?
Из каких компонентов состоит молекула фосфолипида?
Что является движущей силой самосборки липидных структур?
Как повлияет на мембрану появление в её составе фосфолипидных молекул, лишенных
одного из жирнокислотных хвостов?
Какова причина появления в жирнокислотном хвосте фосфолипида жёсткого кинка?
Как флуоресцентные зонды используются при исследования
Как с помощью флуоресценции можно определить микровязкость мембраны?
Как методом ЭПР определяют микровязкость биомембраны?
Чем отличаются латеральная и флип-флоп диффузии липидов?
Как методом ЭПР определяют коэффициент флип-флоп диффузии липидов?
Какое состояние конденсированного вещества называется жидкокристаллическим? Перечислите различные возможные жидкокристаллические структуры.
Охарактеризуйте фазовый переход биомембраны из жидкокристаллического в гель-состояние.
Как изменяются геометрические параметры липидов при фазовом переходе из жидкокристаллического в гель-состояние?
Как влияет наличие и число ненасыщенных С=С связей в углеводородных хвостах липидов на их температуру плавления?
В чем заключается адаптационное изменение химического состава биомембран при продолжительном понижении температуры окружающей среды?
С чем связан первичный механизм криоповреждений (повреждений при охлаждениях) биологических мембран?
Каким образом фазовый переход биомембраны из жидкокристаллического в гель-состояние может обеспечивать терморецепцию клеток?
Какие четыре вида межмолекулярных взаимодействий определяют состояние липидов в биомембранах?
Какую роль играют гидратационные силы при взаимодействии фосфолипидных мембран между собой?
Каким образом лабильная система водородных связей между молекулами липидов блокирует дестабилизирующее действие электростатических сил отталкивания полярных головок липидов?
Каким образом различие в длине углеводородных хвостов в молекулах фосфолипидов связано с числом фазовых переходов, которые наблюдаются в мембране, состоящей из этих фосфолипидов?
Какие три вида липид-белковых взаимодействий существуют в биомембранах?
Как взаимодействие белков с липидными монослоями влияет на функционирование белков? Приведите примеры.
Что такое аннулярные липиды, и как они влияют на функционирование мембранных белков?
Активность каких мембранных ферментов зависит от присутствия липидного окружения?
В каких клеточных процессах проявляются белок-белковые взаимодействия в виде циклов
агрегации-дезагрегации белков?
Какие три типа явлений могут лежать в основе агрегационных белок-белковых взаимодействий в биомембранах?
Что изучает энзимология?
Что такое ферменты?
Какова роль ферментов в клеточном метаболизме?
Как ферменты влияют на выбор метаболического пути?
Что такое рибозимы?
Как называются небелковые биокатализаторы?
Что такое субстрат?
Как называется вещество, на которое действует фермент?
Что называется апоферментом?
Что называется кофактором?
Что называется холоферментом?
В чём сходство и различие апофермента и кофактора?
В чём сходство и различие апофермента и холофермента?
В чём сходство и различие кофактора и холофермента?
Какие виды кофакторов вы знаете?
Что называется коферментом?
В чём сходство и различие кофактора и кофермента?
Что называется простетической группой?
В чём сходство и различие кофактора и простетической группы?
Может ли апофермент быть простетической группой? Почему?
Может ли кофермент быть простетической группой? Почему?
Чем активность ферментов отличается от активности небиологических катализаторов?
В каких единицах измеряется активность фермента?
Что называется каталом?
Что называется международной единицей ферментативной активности?
Что называется числом оборотов ферментативной реакции?
Что называется удельной активностью ферментативной реакции?
Что называется молярной активностью ферментативной реакции?
Сколько международных единиц ферментативной активности составляет один катал?
Сколько каталов составляет одна международная единица ферментативной активности?
Что называется специфичностью действия фермента?
Чем специфичность ферментов отличается от специфичности небиологических катализаторов?
В чём сходство и различие понятий субстратная специфичность и специфичность пути превращения?
Что такое субстратная специфичность ферментов?
Что такое специфичность пути превращения ферментов?
Почему способность к регуляции отличает ферменты от небиологических катализаторов?
В каком температурном диапазоне работает большинство ферментов?
Сравните с условиями работы небиологических катализаторов.
При каких значениях рН работает большинство ферментов? Сравните с условиями работы
небиологических катализаторов.
При каком давлении работает большинство ферментов? Сравните с условиями работы
небиологических катализаторов.
Приведите примеры преобразования ферментами энергии из одной формы в другую.
Какие классы ферментов вы знаете?
Какие реакции катализируют оксидоредуктазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют окислительно-восстановительные
реакции? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют трансферазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют перенос функциональной группы с одного субстрата на другой? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют гидролазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют гидролитические реакции? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют лиазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют реакции расщепления или образования
двойных связей? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют изомеразы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют реакции перенесения функциональных групп в пределах молекулы? Приведите примеры.
Какие реакции катализируют лигазы? Приведите примеры.
Как называются ферменты, которые катализируют реакции присоединения, сопряженные с гидролизом нуклеозидтрифосфатов? Приведите примеры.