Смиряев А.В., Панкина Л.К. Основы биоинформатики

Учебное пособие. Издание 2-е исправленное - М.: ФГОУ ВПО РГАУ - МСХА им. К.А. Тимирязева, 2013. - 120 с. ISBN 978-5-9675-0214-9 В учебном пособии изложены методические основы биоинформатики - генетико- математические модели, методы, алгоритмы и компьютерный сервис. Рассмотрены основные задачи биоинформатики, ее значение для геномики растений, молекулярная филогенетика, выравнивание последовательностей, анализ вторичной структуры РНК и белков.
Пособие предназначено для подготовки магистров сельского хозяйства по направлениям «Агрономия», а также для курсов повышения квалификации специалистов в области генетики, селекции и биотехнологии. Содержание
Введение
Базы данных
Выравнивание
Основные определения
Матрицы замен
Штрафы за разрывы
Алгоритмы выравниваний
Программный поиск сходных аминокислотных или нуклеотидных последовательностей
Предсказание структуры генов эукариот
Краткие сведения о структуре генов
Методы предсказания структуры генов эукариот
Анализ генетических расстояний
Эволюционные замены в последовательностях ДНК
Методы оценки расстояний
Пример - сопоставление оценок эволюционного расстояния
Молекулярная филогенетика
Филогенетические деревья
Деревья видов и деревья генов
Методы построения деревьев
Оценка достоверности реконструкции филогенетического дерева
Пример - сопоставление методов построения деревьев
Программы, используемые при построении филогении
Примеры использования рассмотренных моделей и методов
Предсказание пространственной структуры РНК
Терминология вторичной структуры РНК
Методы предсказания вторичной структуры РНК
Предсказание пространственной структуры белка
Литература
Список сайтов
Словарь терминов