Положение православной церкви также претерпело важные изменения. Болгарская патриархия с
центром в городе Тырново была ликвидирована еще в конце ХIV в. Когда в 1453 г. султан Магомет II занял
столицу Византии, которая вместе с тем была и центром восточно-римского церковного управления,
греческому патриарху удалось получить от султана специальный фирман, которым не только
подтверждались права патриарха по управлению собственно греческой национальной церковью, но и
значительно расширялись его полномочия благодаря подчинению его церковному управлению всех народов
восточно-христианского вероисповедания без различия национальности, т.Iе. греков, болгар, валахов,
молдаван и албанцев (кроме сербов). Таким образом, греческий патриарх стал духовным главой всех
угнетенных народов полуострова, сосредоточив в своих руках огромную власть по управлению церковными
делами.
При Константинопольской патриархии было создано управление, куда входили остатки уцелевшей
греческой аристократии. По имени одного из константинопольских кварталов — фанар, где помещалось
управление, вся эта патриаршая армия получила у балканских славян нарицательное имя — фанариоты. Они
имели право состоять на государственной службе и занимать высокие должности при дворе султана.
Постепенно фанариоты, по профессии банкиры, торговцы, врачи, юристы, дипломаты, переводчики и
другие, укрепили свои позиции в Константинополе, приобрели большой авторитет и стали полновластными
хозяевами в центре и на местах. Греки-фанариоты являлись активными врагами болгарской церкви, они
стремились эллинизировать местное население, искоренить славянскую литургию и уничтожить книги на
болгарском языке. В городах Болгарии этого времени в широком обиходе были два языка — турецкий и
греческий. Болгарский язык был слышен только в местечках, деревнях и на ярмарках. Фанариоты говорили:
«Турок — это господин, ага, грек — это образованный человек, гражданин, болгарин — это пастух, невежа,
варвар».
В ведении константинопольской патриархии входили не только вопросы догмы и общего
руководства церковной жизнью. Патриарху давалась полная свобода в делах церковно-административного и
судебного порядка, связанных с религиозным культом: бракоразводные дела, народное образование,
назначения священников, церковное и монастырское строительство. В управление церковными делами
кому-либо запрещалось вмешиваться. Специальными султанскими указами личности патриарха, епископа,
священников признавались неприкосновенными, все духовные лица освобождались от податей. Портою ни
в чем не нарушалась самостоятельность церковного управления. Признавалась свобода праздников и
церковных обрядов. Эти широкие полномочия, полученные греческим патриархом от султанской власти ,
сделали его фактически не только главой духовной жизни болгар, но и единственным представителем их
национальных интересов перед центральной султанской властью. Константинопольский патриарх был
источником всех официальных сведений и справок, например касавшихся статистических данных о
численности христианского населения полуострова, необходимых для определения и разверстки налогов.
Духовенство являлось посредником между султаном и христианским населением.
Решение вопросов социальной и духовной жизни в определенной степени было предоставлено
религиозным общинам. Вся жизнь в Османской империи регулировалась законами шариата. Болгары, как и
все православное население, входили в так называемую «ромейскую общину», просуществовавшую до ХVII
в.
Характерной чертой османского господства в болгарских землях была жестокая дискриминация,
социальная и религиозная. Христианам было запрещено носить оружие, ездить верхом, носить одежду
синего и зеленого цвета, строить дома выше, чем у турок, они не могли состоять на государственной
службе. При разборе судебных тяжб показания «неверных» могли быть опровергнуты мусульманином.
Существенные преимущества мусульман перед христианами способствовали переходу части болгарского
населения в ислам.